普洱茶的原料是云南大叶种和历史上种植的的小叶种。据测定，大叶种的内含物比小叶种丰富。由于普洱茶要长期存放，存放过程中内含物质会不断分解和释放，茶叶重量会减轻，内含物丰富的大叶种茶才能更符合长期存放，因为内含物更丰富，使它存放多年后还有较多活性物质，还有味。
小叶种内含物少，长期存放分解释后会淡而无味。07年普洱茶热炒时，云南茶原料大涨，有人用外省小叶种发酵普洱茶，经发酵过程对茶叶物质的分解之后，茶虽然汤色红亮，与大叶种发的无区别，但饮之无味。
历史上的小叶种。在2006年制定的普洱茶国家标准中，普洱茶原料是云南大叶种。但是在云南50多个古茶园中有十多个古茶园中有小茶种。如倚邦、革登、莽枝、困鹿山、黄草坝、娜卡等。
其中倚邦曾是贡茶中心，有＂倚邦茶中因为有小叶种更香甜让皇帝更喜欢＂的说法。有茶叶专家认为古茶园中的小叶种是大叶种的变异，但这个说法不对。
古茶园中的小叶种是外来种。理由有：一如果是自然变异，需要相当长的时间，大叶种的树就要比小叶种的树大很多、老很多才行，但古茶园中大、小叶种的茶树是一样大的。二把大、小叶种茶树的茶叶分开制作后对比，口感滋味差异很大，大叶种比小叶种要更苦涩、更甜滑、汤质更饱满、茶气更强，而耐泡度几乎差一倍。
因此普洱茶原料标准应该表述为：云南大叶种和历史上种植于云南古茶园中的小叶种。