祁门红茶的功效与作用虽然很多，营养价值也很高，但在饮用过程中，还需注意以下4个方面：
1、祁门新茶并非越新越好，喝法不当易伤肠胃，新茶刚采摘回来，存放时间短，含有较多的未经氧化的多酚类、醛类及醇类等物质，这些物质对健康人群并没有多少影响，但对胃肠功能差，尤其本身就有慢性胃肠道炎症的病人来说，这些物质就会刺激胃肠黏膜，原本胃肠功能较差的人更容易诱发胃病。
2、祁门新茶中还含有较多的咖啡因、活性生物碱以及多种芳香物质，这些物质还会使人的中枢神经系统兴奋，有神经衰弱、心脑血管病的患者应适量饮用，而且不宜在睡前或空腹时饮用。正确方法是放置半个月以后才可能使用。
3、不要用祁门红茶茶水送服药物；服药前后1小时内不要饮茶。人参、西洋参不宜和茶一起食用。忌饮浓茶解酒；饭前不宜饮茶；饭后忌立即喝茶；少女忌喝浓茶。
4、人在没吃饭的时候饮用绿茶会感到胃部不舒服，这是因为茶叶中所含的重要物质——茶多酚具有收敛性，对胃有一定的刺激作用，在空腹情况下刺激性更强。而祁门红茶是经过发酵烘制而成的，祁门红茶不仅不会伤胃，对溃疡也有一定治疗效果。但红茶不宜放凉饮用，会影响暖胃效果，还可能因为放置时间过长而降低营养含量。