一直以来，六堡茶农都采用茶果播种的有性繁殖种植茶树，形成了群体性状的六堡原种。六堡原种作为群体种，几百上千年经过品种变异，个体间性状差异较大。
依照芽叶色泽，茶农习惯把茶树分为四种：青芽种、红芽种、紫芽种和白苗种。这种叫法并没有很规范的品种划分或依据，可以理解为是六堡茶区的约定俗成。依分布来看，青芽种最多，其次是红芽和紫芽。红芽种和紫芽种也没有严格的区分，只是红芽种更偏向红色，数量少于紫芽种。大多紫芽、红芽只是在嫩叶初发时呈现紫色或红色，一般长到三四叶后就会恢复绿色。
陆羽在《茶经 一之源》中，强调茶叶品质时写道“阳崖阴木：紫者上，绿者次”。但现代采制茶中，却大多不用紫芽。比如安徽省的知名绿茶太平猴魁，在原料挑拣时就有“紫芽不要”的要求，紫芽茶制成的晒青毛茶，苦涩味较重，汤色褐绿，叶底靛蓝色。制成红茶，汤乌叶暗，故传统栽培技术理念上比较排斥紫芽茶。
这两种见解其实并不矛盾，因为在陆羽的那个时代，制茶工艺是这样的：“采之、蒸之、捣之、拍之、焙之、穿之、封之，茶之干矣”（选自《茶经 三之制》）。采摘、蒸制（杀青），捣（有没有类似揉捻），压饼烘干，穿挂，保存。由此可见，唐代制茶，并不是新鲜品饮，而是存放饮用的。这一点和传统工艺六堡茶的陈放非常相似。
六堡茶农一直将紫芽与青芽混采同制，并不挑拣，这样的六堡茶经过长期储藏后有极大的潜力。
紫芽茶自身内含物质更为丰富，花青素含量较正常芽叶高很多，其形成和积累与茶树生长发育状态和环境条件密切相关，较强的光照和高温能增加其含量，使茶树芽叶呈紫红色。花青素含量高导致茶叶刚制成时，苦涩重口。传统六堡茶的自然陈化工艺，使得紫芽茶含量丰富的花青素茶多酚在后发酵过程中慢慢转化，苦涩味变淡或消失，口感变得越来越醇厚，最终形成了更为丰富的层次和滋味。
另外，六堡紫芽茶还富含多种有益化学元素，特别是其黄酮类化合物和氨基酸含量远远高于一般的六堡茶，对于降脂降血、减肥、养胃护胃、抗动脉硬化、防癌抗癌等保健功效比一般六堡茶显著得多。